Errichtet wird die Lobdeburg durch die aus Franken zugewanderten Herren von Auhausen, die sich ab 1166 Herren von Lobdeburg nennen. Die Burg selbst wird 1186 erstmals als „Lofdeburch" erwähnt. Ihr Pallas mit dem Vierarkadenfenster ist einmalig nördlich der Alpen
Die Herren von Lobdeburg gründen zahlreiche Städte, u.a. Jena vor 1240 und Lobeda vor 1284
Seit 1344 ist die Lobdeburg teilweise und seit 1358 ganz im Besitz der Wettiner. 1380 wird die Familie Pustet als Lehnsherr auf der Lobdeburg genannt
Im „Sächsischen Bruderkrieg" (1446-1451) ist die Lobdeburg bereits baufällig und ab 1491 nicht mehr bewohnt. Sie wird teilweise als Steinbruch genutzt
1833 kommt die Ruine per Staatsvertrag an Sachsen-Altenburg und gehört damit zur Flur Drackendorf
1854 und 1856 erfolgen erste Sicherungsarbeiten durch die Gutsherrin Klara von Helldorf, die in Etappen bis 1930 fortgeführt werden
Seit 1999 werden dringende Sanierungs- und Sicherungsarbeiten in kleinen Schritten vorgenommen. Eine Gesamtsanierung steht noch aus